SEKITAR 1950an-1960an, pengaruh institusi pondok dan madrasah, termasuk di negeri-negeri majoriti Melayu seperti Kedah, Kelantan, Terengganu dan Perlis, agak terjejas.
Antara puncanya berkait dengan kelemahan kurikulum. Semakin ramai dalam kalangan ibu bapa yang menghantar anak-anak mereka ke sekolah yang boleh menjamin peluang pekerjaan yang lebih baik terutama dalam sektor kerajaan berbanding keluaran sekolah pondok dan madrasah. Rata-rata, pendidikan agama Islam dilihat sebagai mempunyai nilai yang lebih rendah berbanding pendidikan di sekolah lain.
“The more pertinent factors… are the internal workings of the different religious schools in the various negeri. These include the details of their organization, the type of pedagogy applied, the curriculum and syllabuses that have been adopted, the kinds of textbooks made available, the teachers’ training and the employment opportunities of the school-leavers.
This lacuna both in fact and analyses has rendered most discussions of Islamic education weak and hovering at a superficial, general level.” (Shamsul Amir Baharuddin dan Azmi Aziz dalam ‘Islamic Studies and Islamic Education in Contemporary Southeast Asia’ ed. Kamaruzzaman Bustamam-Ahmad dan Patrick Jory, Yayasan Ilmuwan, Kuala Lumpur, 2011, hal 130)
Antara tokoh pendidik yang memberi perhatian berat mengenai isu ini ialah Pendeta Za’ba. Beliau bimbang kerana tahap pendidikan yang diterima pelajar Melayu melalui sistem pendidikan Islam adalah rendah dan tidak maju.
Pendeta Za’ba mahu reformasi dan pemodenan dilakukan pada pendidikan Islam kerana melihat tekanan yang diberikan hanya terhadap penghafalan al-Quran, amalan solat dan puasa, dan bukannya pendidikan Islam sebenar. Beliau cadangkan dua cara.
Pertama, memperbaiki pendidikan Islam melalui sistem formal di sekolah-sekolah aliran Melayu dan Inggeris. Kedua, memperkasa sekolah-sekolah pondok.
Beliau turut mencadangkan penubuhan sebuah badan khusus untuk mentadbir dan mengurus sekolah-sekolah agama. Mata pelajaran seperti nahu, saraf, usul dan fiqh perlu dimasukkan ke dalam kurikulum dan diajarkan kepada para pelajar.
Padanya, antara sekolah-sekolah agama dan madrasah yang baik dan perlu dicontohi adalah Madrasah al-Hadi di Melaka, Madrasah Muhammadiah di Kelantan dan Madrasah al-Iqbal di Singapura, yang turut mengajar tiga bahasa, yakni Melayu, Arab dan Inggeris, kepada para pelajarnya.
Menurut Pendeta Za’ba, sekolah-sekolah agama juga perlu ada nazirnya sendiri manakala buku dan kitab yang digunakan untuk mengajar mestilah diperbaharui dari masa ke masa. (Rosnani Hashim dalam ‘Reclaiming the Conversation: Islamic Intellectual Tradition in the Malay Archipelago, The Other Press, Petaling Jaya, 2010, hal 136-137)
Pada zaman penjajahan British, ada madrasah yang memasukkan mata pelajaran seperti Sains dan Matematik. Kombinasi pendidikan teologi dan moden telah meningkatkan kebolehpasaran pelajar, dan kebanyakan lulusan madrasah mendapat pekerjaan di jabatan-jabatan agama daerah dan negeri.
Selepas penjajahan, terutama pada 1970an dan 1980an, perkembangan ini lebih lancar ekoran dasar Islamisasi kerajaan. Lebih banyak sekolah-sekolah agama dibuka, begitu juga fakulti Islam di universiti-universiti tempatan sehinggalah penubuhan Universiti Islam Antarabangsa pada 1983.
Pembiayaan dan bantuan kerajaan kepada sekolah-sekolah agama meningkat.
Bilangan pelajar ke sekolah-sekolah agama turut meningkat. Pada 1990an, pendidikan agama telah diarusperdanakan dengan ekonomi, perbankan dan kewangan Islam. Pada 1997, Kolej Universiti Islam ditubuhkan dan dinaiktaraf sebagai universiti penuh 10 tahun kemudian.
Beberapa universiti Islam baharu ditubuhkan, fakulti-fakulti Islam di universiti diperbesarkan untuk menampung pelajar yang makin bertambah. Trend ini telah mengurangkan bilangan pelajar Malaysia ke negara-negara Timur Tengah, India dan Pakistan untuk menyambung pengajian dalam bidang pendidikan Islam.